„Партизан“ е основан на 4 октомври 1945 г. като част от Югославската Спортна Организация Партизан. Отбора все още е член на същата организация която е преименувана на Спортна Асоциация на Сърбия и Черна Гора, включваща 25 клуба в различни спортове, също като Футболна Асоциация на Сърбия и Черна Гора, но има пълна независимост по отношение на организацията, мениджмънта, финансите, материалните блага и спортните съоръжения. Има няколко компании в Партизанската бизнес система, които работят задно в клуба.
Също така включва и няколко публични органи като радиостанцията "МИП" ("Музика и Партизан") и списанието "Само Партизан".Отборът първоначално е бил създаден от Югославската народна армия и стадиона на който Партизан играе своите мачове се е казвал Стадион "ЮНА". В началото на 50-те клубът става независим от армията. Първия международен мач на Партизан е игран на 6 декември 1945 г., срещу ЦСКА Москва. Мачът завършва 4 за московските армейци, като 2 гола вкарва Григорий Федотов.
През 2010/11 участва в групите на Шампионската лига.
Сегашните цветове на Партизан са бяло и черно, в първоначалните 13 години от съществуването на отбора цветовете са били синьо и червено.
