Футболен клуб Валенсия е основан през 1919 година в град Валенсия, Испания. Отборът играе домакинските си мачове на стадион Местая, с капацитет 53 469 места. През 1919 година в кафе Torino Bar във Валенсия се ражда идеята за създаване на футболен клуб в града. Интересното в случая е, че първият президент на Валенсия Октавио Аугусто Милего е бил избран чрез хвърляне на монета.
Веднага след учредяването на клуба идва и неговия първи мач на 21 май 1919 г. срещу отбора на Химнастико. Първият стадион на Валенсия е Алжирос, построен на 7 декември 1919 г. През 1923 г. отборът се премества да играе на сегашния си стадион Местая. Същата тази година печели и регионалния шампионат на своята провинция и правото да участва за Купата на Краля за пръв път в своята история.
Постепенно Валенсия започва да набира популярност сред жителите на града и скоро настига по привърженици другите отбори от Валенсия. В следващите години започва подготовката за създаването на Испанска футболна лига. Валенсия изразява готовност да играе от самото начало в нея, но поради това че са млад клуб трябва да чакат три години след основаването на лигата, за да бъдат включени в нея. След няколко години първенството е разделено на две дивизии - Примера и Сегунда. Валенсия започва своето участие от Сегунда Дивисион. Първият сезон на Валенсия е 1928/29, а първият мач на 17 февруари 1929 година. През сезон 1930/31 Валенсия печели промоция за Примера Дивисион за пръв път в своята история.
След Гражданската война в Испания отборът на Валенсия трябва да се нагажда към новата действителност. Останал без доста от своите футболисти, без стадион, който е разрушен от бомбардировките и репресиран от новия военен режим, отборът изтърпява доста тежки времена.
Постепенно обаче клубът се възражда и през 40 те години на 20 ти век с назначаването на Луис Казанова за президент, следват десет от най-добрите години в историята на отбора - Валенсия печели три Шампионски титли и две Купи на страната.
През 50-те години Валенсия отново играе добър футбол, но тези години не са така славни както 40-те, главно поради навлизането на качествени чужди играчи в отбори като Реал Мадрид и Барселона, каквито Валенсия не може да си позволи. През този период Валенсия достига два финала за Купата на Генералисимуса (Франко), като единият е спечелен с 3 срещу Барселона и записва едно второ и едно трето място в шампионата на Испания.
60-те години са едни от най-знаменитите в историята на отбора. През този период Валенсия се изявява отлично на европейската футболна сцена, като печели Купата на панаирните градове в два последователни сезона 1962 и 1963 г., а през 1964 г. са подгласници в същия турнир. В Испания също се представят подобаващо, като през 1967 година печелят Купата на Краля след победа над Сарагоса.
Със старта на сезон 1976/77 започва изцяло нова ера в историята на клуба. В отбора е привлечен парагвайският треньор Хериберто Херера, както и редица класни играчи начело с аржентинската суперзвезда Марио Кемпес, който става два пъти голмайстор на Премиера Дивисион. През сезон 1979/80 след оспорвани мачове Валенсия достига финал на КНК. Близо 7 000 фенове на отбора пътуват до Брюксел, за да видят своите любимци във финалния мач срещу английския гранд Арсенал. След 0 в редовното време Валенсия печели КНК след изпълнение на дузпи. Следващият сезон Валенсия печели и Суперкупата на Европа, ставайки първият испански отбор спечелил това отличие.
80-те години са трудни за Валенсия. В тяхното начало след спечелването на Суперкупата на Европа, отборът се задържа в челото на таблицата, но не успява да постигне съществени успехи. Постепенно кризата в отбора се задълбочава, може би и поради напускането на Кемпес и Морена, както и липсата на финансови средства.
През сезон 1982/83 отборът трудно се спасява от изпадане в Сегунда Дивисион. Поради финансовата криза и други звезди на Валенсия напускат отбора, което логично води до изпадането на Валенсия в Сегунда Дивисион през сезон 1985/86 след 55 сезона в елита.
Още следващата година обаче, отборът се завръща във висшия ешалон на испанския футбол. Постепенно Валенсия намира своето лице, като завършва 14-ти, а следващият сезон са трети в Премиера Дивисион. Сезон 1989/90 показва, че Валенсия се завръща в големия футбол, след като отборът печели Купата на Краля.
От 1992 година отборът на Валенсия е регистриран като самостоятелна компания и с това започва нов период в историята на клуба. През сезон 1993/94 клубът е лидер в Премиера Дивисион, но записва най-голямото си поражение в европейските турнири 7 и последвалата загуба в първенството от Спортинг (Хихон), което довежда до уволнението на треньора Гус Хидинк.
След уволнението на холандеца в средата на 90-те отборът търси своето лице, но е напуснат от двете си най-големи звезди Любо Пенев и Предраг Миятович. В този период отборът стига до един финал за Купата на Краля и до второ място в шампионата на Испания.
В края на 90-те през сезон 1998/99 с назначаването на Клаудио Раниери за треньор, отборът започва своя възход - четвърто място в шампионата на Испания и спечелване на Купата на Краля. Следващият сезон, въпреки напускането на Раниери е успешен за Валенсия. Под ръководството на Ектор Купер достигат до финал в Шампионската лига, печелят Суперкупата на Испания и завършват на трето място в първенството.
Следващата година отборът дублира постижението си в Шампионската лига, като пак достига до финал. Следва нова треньорска рокада - Ектор Купер е заменен от Рафаел Бенитес.
Периодът 1999-2004 г. е един от най-успешните за отбора на Валенсия - 2 титли на Испания,1 Купа на УЕФА,1 Купа на Краля,1 Суперкупа на Европа и 2 финала за Шампионската лига. Следва известен спад в играта на отбора, като дори веднъж остават извън местата гарантиращи участие в европейските клубни турнири.
През 2005 г. за треньор е назначен Кике Флорес Санчес, който връща Валенсия в челото на Испанското първенство - отборът завършва на трето място. На 29 октомври 2007 г. Санчес е уволнен заради лошо представяне на отбора. Ден след това Роналд Куман поема Валенсия, но въпреки това отборът се свлича до 15-то място на 2 точки от зоната на изпадане, но пък на 16 април 2008 г. печели за пореден път Купата на Краля след победа с 3 над Хетафе. Няколко дена след това, след загубата от Атлетико Билбао с 5 Куман е заменен от своя помощник Воро.
В края на първото десетилетие на 21-ви век "прилепите" отново са сред най-добрите на Испания, но изостават от двата колоса Реал Мадрид и Барселона.
Успехи:
Шампион на Испания (шест пъти): 1941-1942, 1943-1944, 1946-1947, 1970-1971, 2001-2002, 2003-2004.
Носител на Купата на Краля (седем пъти): 1940-1941, 1948-1949, 1953-1954, 1966-1967, 1978-1979, 1998-1999, 2007-2008.
Суперкупа на Испания (два пъти): 1949 и 1999.
Носител на Купата на УЕФА (три пъти - рекорд): 1961-1962, 1962-1963 и 2003-2004.
Носител на КНК (един път): 1979-1980.
Носител на Суперкупата на Европа (два пъти): 1980 и 2004.
Финалист в Шампионската лига (два пъти): 2000/2001 и 2001/2002.
